Főnix lángját az egyiptomi misztériumok kialvásával a hellén és a középkori alkímia vette át. Az alkímia a vallási kultuszoktól eltérően inkább egyéni beavatási út volt, s ennek következtében szimbólumrendszere is sokkal inkább idioszinkráziás. Ez abban is megmutatkozik, hogy az egyiptomi, majd keresztény vallásokból átvett elemek a legkülönfélébb módon keveredhetnek, és sajátos egyéni értelmezéseket nyerhetnek. Így az alkímiai irodalomban igen gyakran használt főnix szimbólum nem egyszer Ibisznek, a bölcsesség egyiptomi istenéhez, Thothoz tartozó madárnak a vonásaival ötvöződik. A főnix azonban rendszerint az alkímiai műnek azt az alapvető és döntő elemét jeleníti meg, ami igazolja, hogy az alkímia mélyebben értette az egyiptomi jelképet, mint a közismertebb görög mítosz. E-szerint amit a főnix az alkímiában jelképez, az nem más, mint maga a lapis philosophorum, más néven universal tinktura, magisterium, elixír, Stein der Weisen, universal medicin, quinta essentia, tinktura, arcanum, rote Löwe, Hominum Hispanorum Lapis, sperma viri muti – ez a bölcsek köve, a titokzatos vörös por, amellyel a tökéletlen fém arannyá és ezüstté alakítható, és amely az örök életet megszerzi.
Nyilvánvalónak látszik, hogy az anyag átalakításával foglalkozó alkímisták valójában a teremtés princípiuma fölötti elveszett uralmat keresték. Másképpen aligha volna érthető, hogy mi köze van az aranycsinálásnak az örökléthez. Az alkímiai műben az arany is szimbólum, de a szimbólumnak ugyanabban a bensőséges értelmében, amiről a bevezetőnkben beszéltünk, vagyis úgy, hogy a kultikus lényeget nemcsak egyszerűen jelzi, hanem magában kinyilvánítja. Ezért a teremtő elv megszerzésének alkímiai művelete annyiban volt sikeresnek, valódinak tekinthető, amennyiben valódi volt az arany is, amely a kultikus műben megszületett. Az aranyban az Élet, a Nap, a Teremtés, az Idő és a Királyság princípiumai öltenek testet,13 és a főnix kettős – vörös és arany – színe arra utal, hogy a tűzmadár egyaránt magában foglalja a végterméket (arany) és a végtermék előállításának mágikus mód-szerét (bölcsek köve, vörös por). Hogy logikailag követhetőek maradjunk, ismét kénytelenek vagyunk a filozófiai absztrakcióhoz folyamodni. Eszerint a szellem két arculata közül az arany a transzcendens, az uralom, a nem vegyülő, a hindu puruṣa, a kínai jang; míg a bölcsek köve az immanens, a hatalom, a minden elem mélyén ott rejtőző ötödik lényeg, a hindu prakṛti, a kínai jin. A közönséges fémek arannyá alakítása azt jelenti, hogy a világgá lett szellemből a transzcendens szellemet visszanyerni. A „tökéletesen vegyületlen” transzcendens szellem a „világ vörös pora” által támasztott varázslat következtében (māyā) jelenik meg úgy, mint közönséges anyag, mint amiből e szellem látszólag elveszett (avidyā); és az alkímiai műben e varázslat eloszlatásához éppen a szellem immanens arculata feletti uralom, a vörös mágia feletti uralom adja meg a kulcsot. A főnix asztrológiailag a Skorpió jegye alá tartozik, s annak a mágikus műveletnek a jelképe, amely a skorpió infernális tüzét szellemi világosság tüzévé változtatja át. A főnix a transzcendensben bennerejlő világcsíra, ezért teremtési princípium; s egyben az immanensben benne lévő Istencsíra, s ezért egyben megváltásprincípium is. Legmélyebb lényege szerint azt az ÁTLÉNYEGÜLÉST jelenti, amely mind a teremtés, mind a megváltás művében végbemegy.
A középkori alkímiában a főnixet sokhelyütt egy nagyon hasonló, új szimbólum váltotta fel: ez volt a pelikán, az alkímiai kísérletek egyik edénye, amely nemcsak a titkos mű rózsához hasonló emblémája, de a legmagasabb beavatási fokozatnak is kelléke lett. A pelikánt úgy szokták ábrázolni, amint éppen egy, a mellén önmaga által ejtett sebből táplálja kicsinyeit. A véráldozat (ahol a pelikán vére, a rejtélyes tinktúra nem más, mint maga a vörös por, vagyis a bölcsek köve) a teremtést és a feltámadást egyaránt jelképezi. A legenda szerint az apapelikán megölte fiókáit, ám három nappal később az anya önmaga megsebzésével feltámasztotta őket, s engedte, hogy vére a testükbe áramoljon. A teremtés a szellem anyai, immanens arculatának áldozata révén tud fennmaradni úgy, hogy az önmaga esszenciáját a formák sokféleségébe bocsátja, önmagát az élet folytonosságáért feláldozza. Az áldozat mozzanata azonban legmélyebb pontján a szellem transzcendens magját érinti meg, teljes megvalósulásában éppen azt hozva létre, amit látszólag elveszített. Ezért a misztériumokban a pelikán a jelölt feltámadását fejezi ki halottaiból. A főnixszel való azonosságát az is jelzi, hogy ezt is szokták Napmadárként ábrázolni, ahol a vért a Nap sugarai helyettesítik. Ez ad életet a hét filozófiai bolygónak (fiókák). E bolygók, vagy fiókák az alapfémeket is jelképezik, amelyek az alkímiai műben a pelikán vére feletti uralom megszerzésével szellemi arannyá transzmutálódnak.
